La història de la secció de natació va lligada a la història del propi club, dons fou un grup de joves afeccionats a aquest esport els que el 30 de desembre de 1925 constituïen legalment el Club Natació Banyoles

Aquesta afecció, juntament a la tenacitat i l’esforç d’aquells homes quedà demostrada l’estiu de 1926, quan construïren una piscina i un camp de waterpolo a l’estany i van organitzar uns festivals de natació que sorprengueren tothom. Aquella piscina era paral•lela al passeig Darder i molt a prop de la riba i la van construir els mateixos nedadors però, la feina no va ser fàcil. El primer dia van posar les estaques que subjectaven la primera plataforma i amb una corda de cinquanta metres van marcar el lloc on s’havien de col•locar les altres. L’endemà, un cop clavades, algú s’adonà que aquella “piscina” semblava un xic curta. Després de moltes discussions van comprovar que, efectivament, no feia la mida reglamentària; la corda s’havia encongit uns tres metres. Després de tants esforços van haver de substituir-la i tornar a col•locar la plataforma. Es compraren més cordes i unes peces de suro foradades pel mig per marcar els quatre carrers.

L'agost de 1944 marcà una fita important per a la natació. Un grup de joves de Girona, que entrenaven a les instal•lacions del GEiEG i que viatjaven sovint a Banyoles en bicicleta per nedar a l'estany, van pensar que seria interessant d'organitzar-hi una competició de fons. La idea no era del tot nova perquè ja el gener de l'any 1929, la junta del Club Natació Banyoles s'havia proposat d'organitzar la primera travessia de l'estany, però les dificultats organitzatives i les tensions internes n'impossibilitaren la realització.

El 17 de setembre de 1944, a tres quarts d'una del migdia sortien de la zona dels Amaradors , els primers particiapants de LA TRAVESSIA DE L’ESTANY (una prova que ja ha celebrat els 60 anys). Felip Sànchez-Babot va ser el guanyador de la prova amb un temps de 36'46'', gairebé dos minuts i mig menys que el segon classificat,
A començaments dels anys 60, el Club Natació Banyoles havia assolit un alt nivell i dominava en les competicions de nivell provincial i aconseguint molt bons resultats en els campionats d’Espanya

El 1964 i abans que Filibert Marcó en rem participés com a timoner en els Jocs Olímpics de Mèxic’68, un nedador format al Club, Quim Pujol, va ser el primer esportista gironí que va participar en uns Jocs.

El Club Natació Banyoles va acollir el 1993 el campionat de Catalunya absolut de natació, un fet que no passava des de l’any 1930.