Els inicis del piragüisme a Banyoles es remunten a un llunyà 16 d'agost de 1.886, quan en la celebració de les Festes de la Mare de Déu d'Agost es va disputar una regata entre embarcacions molt diverses, que generalitzant, anomenaven "perissoires". 

No va ésser fins al 27-6-1959 quan les piragües, tal i com les entenem avui dia, van tornar a navegar per l'Estany de Banyoles on es van disputar els Campionats d'Espanya de Rem i piragüisme, que aleshores es celebràvem conjuntament.   

Durant el Campionat d'Espanya del any 1968,el K-4 del C.N.Banyoles, integrat per Núria Moner, Mariona Masgrau, Pilar Planas i Neus Moner, varen aconseguir la medalla de plata. 

A partir d'aquesta data, el piragüisme va entrar en un període d'inactivitat fins a la tardor de 1.985, quan tres amics de Banyoles, (Miquel Casadevall, Pere Tarradas i Joan Pons) es van decidir a navegar amb tres piragües Lancer cedides per Dick Piepper, comprades a un equip suec que havien fet una concentració a Banyoles. Aquestes van ésser les primeres passes per a construir la nova secció de piragüisme del Club Natació Banyoles tal i com avui la coneixem. 

La primera regata en la que es va participar com equip del Club Natació Banyoles va ésser els Campionats de Catalunya de Velocitat disputats a Mequinença en la que es va assolir un molt discret resultat. 

L'arribada d'Eduardo Routier i José Luís González va donar una nova empenta a la secció, aporten un esperit més competitiu, augmentant els integrants de l'equip en les categories infantils i cadets. 

Els anys 1988 i 1989 varen ser anys de consolidació de la secció. Els palistes de Banyoles començaven a despuntar en les regates del Programa 2000, que la Federació Catalana de Piragüisme organizava a Lleida, que per llavors era qui dominava el piragüisme català. 

El 1990 el Club Natació Banyoles va donar un pas molt important per a la consolidació de la secció, amb la incorporació d'un entrenador, l'Atílio Vàzquez, un piragüista amb un ampli historial olímpic i mundialista amb la selecció argentina. 

Des de llavors s'han anat assolint els objectius marcats, any rera any, des del primer Campionat de Catalunya de Velocitat guanyat a St. Llorenç de Montgai, l'any 1991 fins a la medalla d'or aconseguida als Campionats d'Espanya l'any 1998.  El any 1999 marca una fita important dins de la nostra secció, per primera vegada en trenta anys es celebra un Campionat d'Espanya al nostre club, i durant el qual dues palistes, Gemma Cordonet i Laura Garcia, aconsegueixen la medalla d'or a les categories júnior i cadet respectivament, fet que posa de relleu la marxa ascendent del piragüisme a Banyoles.