Tot i que hi ha constància de regates a l'estany des de finals del XIX, el Club no creà la seva secció de rem fins l’estiu de l'any 1958.

La secció de rem, que en el nou edifici inaugurat el 1960 disposava d’un petit hangar, inicià un creixement important i els directius es marcaren un nou repte: convertir l’estany en un camp de regates olímpic. Aquest fet culmina el 14 d’agost de 1964 amb la inauguració del nou camp de regates internacional en unes regates l’estany va ser l’escenari de l’històric duel Oxford – Cambridge.

A partir de 1966, Banyoles i el Club acolliren remers de tot l’Estat. Aquesta presencia a Banyoles de joves remers i el carisma d’un entrenador com Jean Tacher, van comportar que molta gent de la nostra comarca comencés a remar
A principis dels anys 70, amb els remers de casa i els de la Marina, el Club estava entre els millors d’arreu d’Espanya i, amb la posterior entrada del mecenes cubà Pedro Abreu, els èxits de la secció i del rem espanyol prendrien relleu internacional.

La intensa preparació i el fet que vinguessin a Banyoles entrenadors de prestigi contribuïren a la projecció de la secció de rem, que obtingué bons resultats a nivell internacional: la medalla de bronze aconseguida per Salvador Vergès i Manolo Bermúdez als Campionats del Mon Juvenils l’any 1976; la de plata als Campionats del Mon de Pes Lleuger de l’any 1977 per part de Joseba Roji, Fernando Climent i Isidre Mas i i la d’or en els Campionats del Mon de Pes Lleuger de 1978 per part de l’Antoni Montosa.

Tot i la marxa d’Abreu l’any 1980, la secció continuà donant els seus fruits a principis dels vuitanta: primer l’any 1981, amb el bronze al Mundial de Dinamarca del vuit amb timoner espanyol, del que formava part en Luis Arteaga, i sobretot amb la plata aconseguida a les olimpíades de Los Angeles l’any 1984 per Fernando Climent.

Aquest ritme s’ha anat mantenint amb la presència de remers del nostre club en totes les proves internacionals que es duen a terme, com la medalla d’argent de la Guiomar Hernàndez al Mundial Juvenil de 1995, la de bronze d’en Josep Busquets l’any 1998 al Mundial sub 23 i que culminen el 2002 amb la medalla d’or aconseguida per la Tere Mas de Xaxars en el campionat del Mon.

El juliol del 85, l’estany de Banyoles va acollir el desè Match des Seniors de rem.

L’any 1991 com a prova pilot del que han de ser els Jocs Olímpics de 1992 es duu a terme el Campionat del Mon Juvenil.

En els darrers anys ha aconseguit ser proclamant en diferents ocasions el millor club de l’Estat, aconseguint el 2003 el record de medalles d’or en la història del rem espanyol.

I per últim el 2004 organitzà el Campionat del Mon de les categories absolutes.