El waterpolo s’havia anat jugant des de la fundació de l’entitat, però fins a mitjans anys cinquanta no va ser practicat d’una manera regular. La manca d’instal•lacions adequades i el fet de disposar només de la piscina natural (a l’estany) no desencoratjava els joves waterpolistes que, amb porteries flotants, organitzaven partits improvisats gairebé diàriament al llarg de tot l’estiu

Fins els anys seixanta es fa molt difícil deslligar la natació del waterpolo perquè els mateixos que nedaven, acabada la competició o els entrenaments, eren els que formaven l’equip.

A partir de 1960, i amb el fitxatge de Lluís Julià com a entrenador, es juga la Copa Pirineus, una petita lligueta entre el C.N Cerbère, el C.D. Portbou, el C.N Olot i el Banyoles

Amb la inauguració de la piscina coberta l’abril del 1967, el waterpolo prengué l’embranzida definitiva de la mà de l’holandès Albert Stofberg, el primer entrenador que es beneficià d’aquell equipament. Un any després de tenir piscina, l’equip de waterpolo aconseguiria l’històric ascens a Primera Divisió (actual Divisió d’Honor).

Durant dues temporades aquest equip, que formava una autèntica colla dins i fora de la piscina, es va mantenir a primera divisió fins que l’any 1970 es va perdre la promoció de descens a segona en un partit contra el Club Natació Atlètic.

L’any 1972 es va incorporar com a entrenador del Club Yasuji Fusano i el 1974 es va tornar a la divisió d’honor.